A Ciszteri templomot, eredeti nevén Nagyboldogasszony- és Nepomuki Szent János-templomot, 1756-ban a jezsuiták építették fel, akik a törökök után érkeztek Fehérvárra. 1813-ban került a ciszteriek kezébe. A templom két toronnyal rendelkezik, amely a jezsuita templomépítészet egyik jellegzetessége. A tornyokon órapárkányok találhatóak, és a hagymasisakok tetején kettős kereszt díszeleg. Ezekben a tornyokban összesen 4 harangot helyeztek el, amelyek a 2014-es felújításon is cserélve lettek. Ezelőtt 5 harang volt a templomban, amiket még a XVIII. században öntöttek ki. 

A templom belsejében tágas, jól megvilágított térrel találkozhatunk, amelynek mennyezete csehüveg boltozatos. Az épületben rengeteg freskó díszeleg, amik igazán megragadják az ember tekintetét. Összesen egy főoltár, és négy mellékoltár van a templomban. A főoltáron egy perspektivikus ábrázolás jelenik meg, ami a valós és az illuminált világ találkozását fejezi ki. A bejárat két oldalán egy-egy kicsi oldalkápolnát is találhatunk, ahol Szent Candid vértanú teljes csontvázas ereklyéjével is találkozhatunk. Azonban a templom legjelentősebb része a sekrestyebútorzat. Ezek a bútorok egyedülállóak, hiszen Európa egyik legszebbjének tartják. Ezeket Hyngeller János, szerzetes készítette el 1764-1767 között, rokokó stílusban. 

A templom egyébként hétfő kivételével mindennap 9:00-tól 18:00-ig látogatható, illetve vasárnap 13:15-17:30-ig. A templomhoz tartozó egykori rendház pedig ma a Szent István Király Múzeum központi épülete, melyben Magyarország második legnagyobb régészeti gyűjteménye tekinthető meg.